LabDAO kartlegger fremtiden for åpen kildekode AI for legemiddeloppdagelse

Folding@home-prosjektet skapte overskrifter gjennom COVID-19-pandemien for å samle ubrukt datakraft for å utforske søkeområdet for proteinfolding for å takle det nye koronaviruset. For å styrke innbyggerne til å være forskere i seg selv, kjørte initiativet storskala simuleringer av forskjellige molekylære konfigurasjoner av proteiner over et distribuert nettverk av "registrerte" datamaskiner over hele verden.

Dette desentraliserte paradigmet ble innledet for å bringe mennesker sammen rundt et felles problem og samle datakraft effektivt, men hva om datakraften og problemløsningsinfrastrukturen var omvendt? Med andre ord, hva om enkeltpersoner kunne drive sine egne prosjekter ved å utnytte akkumulert datakraft og verktøyene for biologisk eksperimentering å starte opp?

LabDAO gjør den drømmen til virkelighet med sin PLEX-plattform. PLEX er et åpen kildekode-kommandolinjeverktøy designet for å gjøre ikke bare dataressurser, men også en rekke biologiske maskinlæringsverktøy (skapt "BioML"-pakken i LabDAO) tilgjengelig på tvers av en rekke bakgrunner. Enten man eksperimenterer med småmolekylær dokking eller egne proteinfoldingssimuleringer, lar PLEX brukere ta seg inn i LabDAOs bibliotek med verktøy, dele resultater og visualisere dem på mindre enn fem minutter.

Denne pakken med verktøy og dens bruksaktiverende plattformen på toppen av den ble vist på Zuzalus Blockchain Meets Biology-toppmøte i begynnelsen av april, hvor LabDAO Core Team-medlem Lily Hansen-Gillis demonstrerte fra start til slutt en simulering av intern molekylær dynamikk i en protein for å finne sin mest stabile konfigurasjon. Så, som en selverklært «ikke-koder», ledet hun publikum gjennom det fra start til slutt – alt med en datamaskin, WiFi, PLEX på kommandolinjen og ingenting mer.

Mer generelt er LabDAO en web3-aktivert desentralisert plattform (en del av den større "DeSci"-bevegelsen) forpliktet til å skape et mer produktivt miljø for åpen kildekode-drevet legemiddeloppdagelse. Ved å gjøre verktøy og ressurser i forkant tilgjengelig for et bredere økosystem, har LabDAO som mål å skape det rette miljøet for transparente og tilgjengelige vitenskapelige fremskritt. Enten ved å eliminere behovet for forskere til å ha sin egen maskinvare eller datainfrastruktur eller publisere resultater av eksperimenter på en blokkjedebok slik at de er overkommelige og reproduserbare, er organisasjonen forpliktet til å gjøre mer innovasjon mulig gjennom samarbeid – å bryte ned barrierer forårsaket av dårlig brukervennlighet og nisjekompetanse.

LabDAOs innsats for å bygge denne fremtidens DeSci-verden for i dag fikk nylig et løft i form av en finansieringsrunde på 3.6 millioner dollar fra forskjellige andre DAO-er, Inflection.xyz, Balaji Srinivasan og andre. Denne tilstrømningen av støtte vil bidra til det pågående arbeidet med å bygge ut programvareverktøy med åpen kildekode og forsterke LabDAOs forskningsøkosystem.

Når det gjelder PLEX selv, inkluderer de umiddelbare neste trinnene i horisonten testing av plattformen i forskjellige vitenskapelige samarbeid, containerisering av ulike verktøy og akkumulering av nødvendig maskinvare for å fremme BioML-nettverket.

Når det gjelder langsiktighet, vil kanskje det neste livreddende stoffet under det neste store infeksjonssykdomsutbruddet bli utformet med kraften til PLEX, ett desentralisert skritt fremover av gangen. Ettersom økosystemet fortsetter å vokse, vil bare tiden vise.

Takk til Aishani Aatresh for ytterligere forskning og rapportering om denne artikkelen. Jeg er grunnleggeren av SynBioBeta, og noen av selskapene jeg skriver om er sponsorer av SynBioBeta konferanse. For mer innhold kan du abonnere på mitt ukentlige nyhetsbrev.